Алфавитный каталог
Алфавитный каталог отражает состав фонда библиотеки. Карточки расположены в алфавите авторов и/или заглавий книг. Алфавитный каталог позволяет узнать о наличии конкретного произведения печати в фонде библиотеки, о том, какие произведения определенного автора имеются в фонде библиотеки, какие издания и выпуски определенного произведения печати имеются в фонде библиотеки.
Каталог расположен в справочно-информационном отделе библиотеки.

Систематический каталог
Систематический каталог раскрывает фонд библиотеки по отраслям знания в соответствии с используемыми в библиотеки системами классификаций. Литература по медицине и естественным наукам систематизирована с применением Универсальной Десятичной Классификации, литература по общественно-политическим наукам – с применением Библиотечно-Библиографической Классификации.
Каталог расположен в справочно-информационном отделе.

Каталог авторефератов диссертаций
Алфавитный каталог авторефератов диссертаций на соискание учёных степеней медицинских и биологических наук по медицине.
Расположен в справочно-информационном отделе.

Предметный каталог
Предметный каталог является средством поиска по тематическим запросам, предмету, рубрике. Содержит библиографические записи на книги, авторефераты диссертаций, статьи из журналов и сборников научных трудов по медицине и смежным наукам, имеющимся в фонде библиотеки с 1956 по 2010 гг. Библиографические записи расположены в алфавите предметных рубрик. Для предметизации были использованы Предметные рубрики ГЦНМБ - с 1956 по 1990 гг. и Медицинские предметные рубрики русского варианта тезауруса MeSH (Medical Subject Headings) Национальной медицинской библиотеки США - с 1991 по 2010 гг. В настоящее время законсервирован.
Каталог находится в справочно-информационном отделе.